data_A1IKK
# 
_chem_comp.id                                    A1IKK 
_chem_comp.name                                  "(R,E)-2-methyl-1,2,3,5,9,10,11,12,18,19,22,23-dodecahydro-17H,21H-14,16-etheno-7,26-(metheno)[1,4]diazepino[2,3-l]pyrido[2,1-d][1]oxa[5,17]diazacycloicosine-4,8-dione" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C28 H36 N4 O3" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2024-08-12 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2025-08-15 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        476.610 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     A1IKK 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        9GEY 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
_chem_comp.pdbx_pcm                              ? 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
A1IKK C10 C1  C 0 1 Y N N N N N 2.346  -28.688 13.216 4.083  0.359  -0.017 C10 A1IKK 1  
A1IKK C12 C2  C 0 1 N N N N N N -1.081 -29.135 14.521 2.500  2.577  0.115  C12 A1IKK 2  
A1IKK C13 C3  C 0 1 N N N N N N -2.484 -29.123 13.796 1.779  3.917  -0.052 C13 A1IKK 3  
A1IKK C14 C4  C 0 1 N N N N N N -2.998 -27.761 13.407 0.531  3.939  0.837  C14 A1IKK 4  
A1IKK C16 C5  C 0 1 N N N N N N -2.210 -25.809 12.175 -1.566 2.831  0.390  C16 A1IKK 5  
A1IKK C18 C6  C 0 1 Y N N N N N -1.356 -25.073 11.211 -2.356 1.601  0.167  C18 A1IKK 6  
A1IKK C19 C7  C 0 1 Y N N N N N 0.023  -25.357 11.095 -1.733 0.353  0.242  C19 A1IKK 7  
A1IKK C20 C8  C 0 1 Y N N N N N 0.792  -24.611 10.172 -2.461 -0.799 0.020  C20 A1IKK 8  
A1IKK C01 C9  C 0 1 N N N N N N 6.169  -28.829 13.107 5.006  -3.069 -0.450 C01 A1IKK 9  
A1IKK C02 C10 C 0 1 N N N N N N 6.435  -28.632 14.623 6.404  -3.147 0.161  C02 A1IKK 10 
A1IKK C03 C11 C 0 1 N N N N N N 5.402  -29.382 15.486 7.161  -1.868 -0.180 C03 A1IKK 11 
A1IKK C04 C12 C 0 1 Y N N N N N 3.944  -29.221 14.992 6.233  -0.683 -0.204 C04 A1IKK 12 
A1IKK C05 C13 C 0 1 Y N N N N N 3.697  -28.836 13.608 4.871  -0.789 0.010  C05 A1IKK 13 
A1IKK C07 C14 C 0 1 Y N N N N N 2.842  -29.405 15.862 6.791  0.564  -0.453 C07 A1IKK 14 
A1IKK C08 C15 C 0 1 Y N N N N N 1.493  -29.263 15.444 6.012  1.700  -0.482 C08 A1IKK 15 
A1IKK C09 C16 C 0 1 Y N N N N N 1.256  -28.886 14.089 4.644  1.602  -0.260 C09 A1IKK 16 
A1IKK C21 C17 C 0 1 N N N N N N 2.336  -24.940 10.047 -1.766 -2.134 0.078  C21 A1IKK 17 
A1IKK C22 C18 C 0 1 N N N N N N 3.003  -24.754 11.181 -0.320 -2.007 -0.401 C22 A1IKK 18 
A1IKK C23 C19 C 0 1 N N N N N N 4.548  -24.867 11.618 0.634  -2.493 0.691  C23 A1IKK 19 
A1IKK C24 C20 C 0 1 N N N N N N 4.890  -26.128 12.441 1.861  -1.582 0.749  C24 A1IKK 20 
A1IKK C25 C21 C 0 1 N N N N N N 4.618  -27.470 11.759 2.874  -1.994 -0.312 C25 A1IKK 21 
A1IKK C26 C22 C 0 1 Y N N N N N 0.285  -23.607 9.307  -3.823 -0.709 -0.248 C26 A1IKK 22 
A1IKK C27 C23 C 0 1 Y N N N N N -1.152 -23.367 9.429  -4.465 0.522  -0.326 C27 A1IKK 23 
A1IKK C28 C24 C 0 1 Y N N N N N -1.881 -24.066 10.391 -3.716 1.683  -0.117 C28 A1IKK 24 
A1IKK C30 C25 C 0 1 N N N N N N -1.534 -22.008 7.413  -6.847 -0.088 -0.580 C30 A1IKK 25 
A1IKK C32 C26 C 0 1 N N N N N N -0.607 -22.858 6.578  -6.942 -1.492 -0.088 C32 A1IKK 26 
A1IKK C33 C27 C 0 1 N N R N N N 0.876  -22.638 6.982  -5.644 -1.936 0.570  C33 A1IKK 27 
A1IKK C35 C28 C 0 1 N N N N N N 1.238  -21.179 6.704  -5.784 -3.368 1.080  C35 A1IKK 28 
A1IKK N06 N1  N 0 1 N N N N N N 4.721  -28.611 12.689 4.240  -2.024 0.269  N06 A1IKK 29 
A1IKK N15 N2  N 0 1 N N N N N N -2.098 -27.090 12.439 -0.220 2.681  0.615  N15 A1IKK 30 
A1IKK N29 N3  N 0 1 N N N N N N -1.741 -22.333 8.709  -5.807 0.690  -0.590 N29 A1IKK 31 
A1IKK N34 N4  N 0 1 N N N N N N 1.114  -22.905 8.418  -4.558 -1.903 -0.450 N34 A1IKK 32 
A1IKK O11 O1  O 0 1 N N N N N N -0.002 -28.754 13.641 3.865  2.714  -0.277 O11 A1IKK 33 
A1IKK O17 O2  O 0 1 N N N N N N -3.118 -25.124 12.721 -2.093 3.932  0.375  O17 A1IKK 34 
A1IKK O31 O3  O 0 1 N N N N N N -2.095 -21.009 6.970  -7.869 0.384  -1.023 O31 A1IKK 35 
A1IKK H1  H1  H 0 1 N N N N N N 2.138  -28.408 12.194 3.021  0.293  0.157  H1  A1IKK 36 
A1IKK H2  H2  H 0 1 N N N N N N -0.887 -30.150 14.898 2.454  2.265  1.159  H2  A1IKK 37 
A1IKK H3  H3  H 0 1 N N N N N N -1.114 -28.430 15.365 2.020  1.825  -0.512 H3  A1IKK 38 
A1IKK H4  H4  H 0 1 N N N N N N -3.220 -29.583 14.472 2.444  4.730  0.235  H4  A1IKK 39 
A1IKK H5  H5  H 0 1 N N N N N N -2.399 -29.728 12.881 1.481  4.042  -1.094 H5  A1IKK 40 
A1IKK H6  H6  H 0 1 N N N N N N -3.077 -27.139 14.311 0.829  4.006  1.884  H6  A1IKK 41 
A1IKK H7  H7  H 0 1 N N N N N N -3.993 -27.873 12.951 -0.090 4.794  0.575  H7  A1IKK 42 
A1IKK H8  H8  H 0 1 N N N N N N 0.480  -26.127 11.698 -0.682 0.283  0.479  H8  A1IKK 43 
A1IKK H9  H9  H 0 1 N N N N N N 6.454  -29.857 12.838 5.063  -2.787 -1.494 H9  A1IKK 44 
A1IKK H10 H10 H 0 1 N N N N N N 6.798  -28.118 12.552 4.486  -4.012 -0.324 H10 A1IKK 45 
A1IKK H11 H11 H 0 1 N N N N N N 7.440  -29.011 14.861 6.326  -3.245 1.245  H11 A1IKK 46 
A1IKK H12 H12 H 0 1 N N N N N N 6.383  -27.559 14.857 6.937  -4.006 -0.245 H12 A1IKK 47 
A1IKK H13 H13 H 0 1 N N N N N N 5.655  -30.452 15.478 7.936  -1.700 0.567  H13 A1IKK 48 
A1IKK H14 H14 H 0 1 N N N N N N 5.464  -28.998 16.515 7.624  -1.979 -1.160 H14 A1IKK 49 
A1IKK H15 H15 H 0 1 N N N N N N 3.037  -29.666 16.892 7.854  0.643  -0.625 H15 A1IKK 50 
A1IKK H16 H16 H 0 1 N N N N N N 0.675  -29.434 16.128 6.465  2.660  -0.678 H16 A1IKK 51 
A1IKK H17 H17 H 0 1 N N N N N N 2.446  -25.992 9.745  -1.784 -2.512 1.101  H17 A1IKK 52 
A1IKK H18 H18 H 0 1 N N N N N N 2.771  -24.289 9.274  -2.282 -2.845 -0.574 H18 A1IKK 53 
A1IKK H19 H19 H 0 1 N N N N N N 2.749  -23.717 11.447 -0.184 -2.632 -1.290 H19 A1IKK 54 
A1IKK H20 H20 H 0 1 N N N N N N 2.501  -25.444 11.876 -0.092 -0.978 -0.662 H20 A1IKK 55 
A1IKK H21 H21 H 0 1 N N N N N N 5.163  -24.874 10.706 0.123  -2.468 1.654  H21 A1IKK 56 
A1IKK H22 H22 H 0 1 N N N N N N 4.800  -23.983 12.223 0.947  -3.513 0.473  H22 A1IKK 57 
A1IKK H23 H23 H 0 1 N N N N N N 5.961  -26.088 12.689 1.541  -0.553 0.576  H23 A1IKK 58 
A1IKK H24 H24 H 0 1 N N N N N N 4.298  -26.096 13.368 2.317  -1.653 1.737  H24 A1IKK 59 
A1IKK H25 H25 H 0 1 N N N N N N 3.603  -27.451 11.336 2.651  -2.995 -0.671 H25 A1IKK 60 
A1IKK H26 H26 H 0 1 N N N N N N 5.350  -27.608 10.949 2.874  -1.288 -1.133 H26 A1IKK 61 
A1IKK H27 H27 H 0 1 N N N N N N -2.924 -23.813 10.512 -4.195 2.649  -0.176 H27 A1IKK 62 
A1IKK H28 H28 H 0 1 N N N N N N -0.733 -22.591 5.518  -7.751 -1.558 0.638  H28 A1IKK 63 
A1IKK H29 H29 H 0 1 N N N N N N -0.865 -23.918 6.723  -7.159 -2.147 -0.929 H29 A1IKK 64 
A1IKK H30 H30 H 0 1 N N N N N N 1.513  -23.292 6.369  -5.380 -1.267 1.379  H30 A1IKK 65 
A1IKK H31 H31 H 0 1 N N N N N N 2.287  -21.001 6.984  -6.010 -4.031 0.245  H31 A1IKK 66 
A1IKK H32 H32 H 0 1 N N N N N N 1.103  -20.965 5.633  -4.851 -3.679 1.550  H32 A1IKK 67 
A1IKK H33 H33 H 0 1 N N N N N N 0.584  -20.520 7.295  -6.592 -3.416 1.810  H33 A1IKK 68 
A1IKK H34 H34 H 0 1 N N N N N N -1.390 -27.625 11.977 0.219  1.817  0.632  H34 A1IKK 69 
A1IKK H35 H35 H 0 1 N N N N N N -2.394 -21.763 9.208  -6.026 1.602  -0.844 H35 A1IKK 70 
A1IKK H36 H36 H 0 1 N N N N N N 1.987  -23.391 8.446  -3.898 -2.640 -0.056 H36 A1IKK 71 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
A1IKK C32 C33 SING N N 1  
A1IKK C32 C30 SING N N 2  
A1IKK C35 C33 SING N N 3  
A1IKK O31 C30 DOUB N N 4  
A1IKK C33 N34 SING N N 5  
A1IKK C30 N29 SING N N 6  
A1IKK N34 C26 SING N N 7  
A1IKK N29 C27 SING N N 8  
A1IKK C26 C27 DOUB Y N 9  
A1IKK C26 C20 SING Y N 10 
A1IKK C27 C28 SING Y N 11 
A1IKK C21 C20 SING N N 12 
A1IKK C21 C22 SING N N 13 
A1IKK C20 C19 DOUB Y N 14 
A1IKK C28 C18 DOUB Y N 15 
A1IKK C19 C18 SING Y N 16 
A1IKK C22 C23 SING N N 17 
A1IKK C18 C16 SING N N 18 
A1IKK C23 C24 SING N N 19 
A1IKK C25 C24 SING N N 20 
A1IKK C25 N06 SING N N 21 
A1IKK C16 N15 SING N N 22 
A1IKK C16 O17 DOUB N N 23 
A1IKK N15 C14 SING N N 24 
A1IKK N06 C01 SING N N 25 
A1IKK N06 C05 SING N N 26 
A1IKK C01 C02 SING N N 27 
A1IKK C10 C05 DOUB Y N 28 
A1IKK C10 C09 SING Y N 29 
A1IKK C14 C13 SING N N 30 
A1IKK C05 C04 SING Y N 31 
A1IKK O11 C09 SING N N 32 
A1IKK O11 C12 SING N N 33 
A1IKK C13 C12 SING N N 34 
A1IKK C09 C08 DOUB Y N 35 
A1IKK C02 C03 SING N N 36 
A1IKK C04 C03 SING N N 37 
A1IKK C04 C07 DOUB Y N 38 
A1IKK C08 C07 SING Y N 39 
A1IKK C10 H1  SING N N 40 
A1IKK C12 H2  SING N N 41 
A1IKK C12 H3  SING N N 42 
A1IKK C13 H4  SING N N 43 
A1IKK C13 H5  SING N N 44 
A1IKK C14 H6  SING N N 45 
A1IKK C14 H7  SING N N 46 
A1IKK C19 H8  SING N N 47 
A1IKK C01 H9  SING N N 48 
A1IKK C01 H10 SING N N 49 
A1IKK C02 H11 SING N N 50 
A1IKK C02 H12 SING N N 51 
A1IKK C03 H13 SING N N 52 
A1IKK C03 H14 SING N N 53 
A1IKK C07 H15 SING N N 54 
A1IKK C08 H16 SING N N 55 
A1IKK C21 H17 SING N N 56 
A1IKK C21 H18 SING N N 57 
A1IKK C22 H19 SING N N 58 
A1IKK C22 H20 SING N N 59 
A1IKK C23 H21 SING N N 60 
A1IKK C23 H22 SING N N 61 
A1IKK C24 H23 SING N N 62 
A1IKK C24 H24 SING N N 63 
A1IKK C25 H25 SING N N 64 
A1IKK C25 H26 SING N N 65 
A1IKK C28 H27 SING N N 66 
A1IKK C32 H28 SING N N 67 
A1IKK C32 H29 SING N N 68 
A1IKK C33 H30 SING N N 69 
A1IKK C35 H31 SING N N 70 
A1IKK C35 H32 SING N N 71 
A1IKK C35 H33 SING N N 72 
A1IKK N15 H34 SING N N 73 
A1IKK N29 H35 SING N N 74 
A1IKK N34 H36 SING N N 75 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
A1IKK InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C28H36N4O3/c1-19-15-26(33)31-24-17-22-16-21(27(24)30-19)7-3-2-4-12-32-13-5-8-20-9-10-23(18-25(20)32)35-14-6-11-29-28(22)34/h9-10,16-19,30H,2-8,11-15H2,1H3,(H,29,34)(H,31,33)/t19-/m1/s1" 
A1IKK InChIKey         InChI                1.06  LWYJFDNVCBLIQC-LJQANCHMSA-N                                                                                                                                                                         
A1IKK SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "C[C@@H]1CC(=O)Nc2cc3cc(CCCCCN4CCCc5ccc(OCCCNC3=O)cc45)c2N1"                                                                                                                                        
A1IKK SMILES           CACTVS               3.385 "C[CH]1CC(=O)Nc2cc3cc(CCCCCN4CCCc5ccc(OCCCNC3=O)cc45)c2N1"                                                                                                                                          
A1IKK SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[C@@H]1CC(=O)Nc2cc3cc(c2N1)CCCCCN4CCCc5c4cc(cc5)OCCCNC3=O"                                                                                                                                        
A1IKK SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC1CC(=O)Nc2cc3cc(c2N1)CCCCCN4CCCc5c4cc(cc5)OCCCNC3=O"                                                                                                                                             
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
A1IKK "Create component" 2024-08-12 PDBE 
A1IKK "Initial release"  2025-08-20 RCSB 
# 
